Научная деятельность Академии осуществляется в целях научного, информационно-аналитического и научно-методического обеспечения деятельности органов прокуратуры и является самостоятельным направлением деятельности Академии, а также выступает частью подготовки магистров и научных кадров. Основными задачами научной деятельности Академии являются:

- проведение фундаментальных и прикладных научных исследований; реализация результатов научных исследований в практической деятельности органов прокуратуры и образовательном процессе;

- правовое и научно-методическое обеспечение деятельности органов прокуратуры.

В целях координации научной деятельности Академии, а также осуществления иных задач в данной сфере образуется научный совет Академии. Деятельность научного совета Академии регулируется положением, утверждаемым советом Академии.

Постановлением председателя Высшей аттестационной комиссии при Кабинете Министров Республики Узбекистан №132 от 30.05.2018 года «О создании научного совета по присуждению ученой степени», утверждён состав научного совета при Академии Генеральной прокуратуры Республики Узбекистан в количестве 11 человек, присуждающим ученые степени доктора наук (DSc) и доктора философии (PhD) с выдачей разрешения на проведение защиты диссертаций для получения ученой степени по специальности “Судебная власть. Прокурорский надзор. Организация правоохранительной деятельности. Адвокатура”.