Академиянинг илмий фаолияти прокуратура органлари фаолиятини илмий, ахборот-таҳлилий ва илмий-методик таъминлаш мақсадида амалга оширилади ҳамда Академия фаолиятининг мустақил йўналиши, шунингдек, магистрлар ва илмий кадрларни тайёрлашнинг бир қисми ҳисобланади. Академия илмий фаолиятининг асосий вазифалари қуйидагилардан иборат:

- фундаментал ва илмий-амалий тадқиқотлар олиб бориш;

- илмий тадқиқотлар натижаларини прокуратура органларининг амалий фаолиятида ҳамда таълим жараёнида қўллаш;

- прокуратура органлари фаолиятини ҳуқуқий ва илмий-методик таъминлаш.

Академиянинг илмий фаолиятини мувофиқлаштириш ва мазкур соҳада бошқа вазифаларни амалга ошириш мақсадида Академиянинг илмий кенгаши тузилган. Академиянинг илмий кенгаши фаолияти Академия кенгаши томонидан тасдиқланадиган Низом билан тартибга солинади.

Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамаси ҳузуридаги Олий аттестация комиссияси раисининг 30.05.2018 йилдаги «Илмий даражалар берувчи илмий кенгаш тузиш ҳақида»ги 132-сонли Қарори асосида, Ўзбекистон Республикаси Бош прокуратураси Академияси ҳузурида юридик фанлар бўйича фан доктори (DSc) ва фалсафа доктори (PhD) илмий даражаларини берувчи илмий кенгаши тузилиб, кенгашнинг 11 кишидан иборат таркиби тасдиқланган ва кенгашга «Суд ҳокимияти. Прокурор назорати. Ҳуқуқни муҳофаза қилиш фаолиятини ташкил этиш. Адвокатура» ихтисослиги бўйича илмий даражаларни олиш учун диссертациялар ҳимоясини ўтказишга рухсат берилган.