Akademiyaning ilmiy faoliyati prokuratura organlari faoliyatini ilmiy, axborot-tahliliy va ilmiy-metodik ta'minlash maqsadida amalga oshiriladi hamda Akademiya faoliyatining mustaqil yo'nalishi, shuningdek, magistrlar va ilmiy kadrlarni tayyorlashning bir qismi hisoblanadi.
Akademiya ilmiy faoliyatining asosiy vazifalari quyidagilardan iborat:

- fundamental va ilmiy-amaliy tadqiqotlar olib borish;

- ilmiy tadqiqotlar natijalarini prokuratura organlarining amaliy faoliyatida hamda ta'lim jarayonida qo'llash;

- prokuratura organlari faoliyatini huquqiy va ilmiy-metodik ta'minlash.

Akademiyaning ilmiy faoliyatini muvofiqlashtirish va mazkur sohada boshqa vazifalarni amalga oshirish maqsadida Akademiyaning ilmiy kengashi tuzilgan. Akademiyaning ilmiy kengashi faoliyati Akademiya kengashi tomonidan tasdiqlanadigan Nizom bilan tartibga solinadi.

O'zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasi huzuridagi Oliy attestatsiya komissiyasi raisining 30.05.2018 yildagi «Ilmiy darajalar beruvchi ilmiy kengash tuzish haqida»gi 132-sonli Qarori asosida, O'zbekiston Respublikasi Bosh prokuraturasi Akademiyasi huzurida yuridik fanlar bo'yicha fan doktori (DSc) va falsafa doktori (PhD) ilmiy darajalarini beruvchi ilmiy kengashi tuzilib, kengashning 11 kishidan iborat tarkibi tasdiqlangan va kengashga «Sud hokimiyati. Prokuror nazorati. Huquqni muhofaza qilish faoliyatini tashkil etish. Advokatura» ixtisosligi bo'yicha ilmiy darajalarni olish uchun dissertatsiyalar himoyasini o'tkazishga ruxsat berilgan.